В кишечнике обитают миллионы бактерий различных видов и штаммов. Совокупность их популяции называют микробиотой. Она играет важную роль в функционировании многих систем организма. О том, что микробиом и иммунитет связаны, ученым стало известно в начале XXI в. Исследователи установили, что от состояния микрофлоры кишечника зависит эффективность защитной функции его лимфоидной ткани. Существует предположение, что путем фагоцитоза (выработки макрофагов) происходит обмен генетическим материалом бактерий с клетками человека.
Микробиота кишечника также защищает его от инфекций и регулирует перистальтику, участвует в ферментации неперевариваемых волокон, выработке витаминов, всасывании и метаболизме металлов. Состояние слизистой оболочки ЖКТ и разнообразие биома влияет на физическое и психическое здоровье человека.